現在表示しているスレッドのdatの大きさは249KBです。
レス数が1000を超えています。残念ながら全部は表示しません。
レイヤーの使い方の参考になるかどうかはわかりませんが、
とりあえず基本的な作業工程を作ってみました。
ソフトはフォトショのLEです。
線画〜レイヤー分け
http://www9.uploader.jp/dl/yammaboo/yammaboo_uljp00191.jpg.html
↓
レイヤー分け〜レイヤー保護
http://www9.uploader.jp/dl/yammaboo/yammaboo_uljp00192.jpg.html
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仕上げ
http://www9.uploader.jp/dl/yammaboo/yammaboo_uljp00193.jpg.html
↓
完成
http://www9.uploader.jp/dl/yammaboo/yammaboo_uljp00194.jpg.html
概念的にはレイヤーは透明のセルを重ねていくという感じです。
線画を色で潰したくないなら、線画レイヤーの下に色レイヤーを持ってくる。
この基本さえ理解できればそれほど難しいものではないと思います。
また、今回はただ重ねるだけでしたが、レイヤーモードを乗算にしたりすることで
より幅広い表現が可能になります。
案ずるより生むが易し。いろいろ自分で実験してみると良いかと思います。