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どりあんさんお疲れ様です！
・画面サイズ･･･16:9として上下黒ベタするの？しないの？
どの段階で黒ベタするのかわかりませんが、面倒だと思うので
しないでいいならしないほうがいいと思います。
・アップローダー･･･現在４つ。まだある？どれがいい？
今使ってるうｐロダと併用したほうがいいのかな…保存期間が不安なので。特徴書いてみます。
http://b-board.rdy.jp/torrent/index.php
BitCometというソフトが必要。ゲーム動画以外での利用可か不安
https://postfile.jp/
１ＧＢまで可。５日間保存
http://pokoweb.com/pds
１０ＭＢまで可。７日間保存
http://yabumi.jp/acchanpage/cgi-bin/up/upload.php
２ＧＢまで可。
・作画解像度･･･512*288か？2倍の1024*576か？
原動画は1024*576、背景は512*288〜カメラワークに必要なサイズがいいと思います。
・画像フォーマット･･･PSD→（まとめられんから内容見てくれorz）
･･･動画編集向け→aviコーデックは？→DivX？ Indeo Video？ ほかも？
原動画→ＢＭＰ
彩色→ＢＭＰ、ＰＳＤ
ＰＳＤ扱える人には背景透過してもらい、彩色後ＢＭＰもできるだけＰＳＤ扱える人に背景透過してもらったほうが効率いいと思います。
背景→ＢＭＰ、ＰＳＤ
動画のコーデックは詳しい人にまかせます；
ＢＭＰはファイルサイズ大きいけどＧＩＦは使えないソフトもありますから…。
ＰＮＧなら大丈夫かな…？
まとまらない書き方ですみません。あと、ツリー掲示板の解決済!はミスですorz