現状のコメント表示で問題が起こっているのは１分で１００コメントという制限のせいではないかと思います。
なので、５分で５００。これが長ければ３分で３００にしてみたらいいのではないでしょうか。
区切りの幅を広くしたので過疎部分が出てくる可能性は高くなりますが、再生時間が短い動画で起こっている歌詞やＣＡの部分的に消えるという現象と大掛かりなＣＡは表示すらできないという問題がだいぶ緩和されると思います。
３分でも過疎部分が出て、旧版のコメント表示と変わらないということであれば、現在のコメント表示を採用する動画を１５分以上のものにするというのはいかがでしょうか。