現状俺が感じてる問題点は、主人公が消えたとして、そこから友人にパソコンを開かせるまでの流れがアニメ的に分かりにくいところです。
パソコンで調査する部分とパソコンで調査するに至る考察の部分が見えないところで行われるので、明確な前フリが無いと流れを追えないと思います。
ここが見る側に入ってこないとその後友人がバグを持ってくる部分が先に起こした行動の結果なのか不明瞭になります。
回想や語りで補足するには見る側に後になって再考させることになりますし、事件から必要な情報を拾っておくことを求めますし。
この部分は友人視点で事件発生からハッキング、原因究明まで追っても難解な部分だと思います。
なのでこういうところは全部説明せず「技術者が調べ上げました」で進めるのが正しいとは思います。
内容を明示しないことで、ここで引っかからないようにもできますし。
なので情報としてパソコンで解決できる事象であることと、友人がそのように判断したことを分かるように説明する必要があると思います。
冒頭でニコニコが関係しているかもしれない、と電話口の様子から知った上でパソコンで操作を始めるあたりまで見せるとか。
友人の技術力の披露は大人しめになりますが、すごすぎて何が起こったか分からないよりはいいと思います。