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今回の件は、ちょっと大げさに言うなら
本音と建前の関係が崩れてしまったことが原因なんじゃないかな。
法律ではMAD動画は著作物を無断で引用しているわけだからモロ違法だけど、(建前)
最初のころは数も少なかったし、権利者としても見過ごしてやる気になってたのかもしれない。(本音)
でも、黙っていたらどんどんMADの投稿がエスカレートしていって、
内容を無視したMADや(直接関係するかは不明だが)アニメ本編がどんどん投稿されるようになってきてしまった。
そして、本来違法な動画なので、削除されたとしても文句を言えない立場のはずなのに、
削除したのにキレ出す視聴者が出てきたり、何度も何度も再UPを繰り返す投稿者が出てきたりしたから、
権利者としてはこれ以上見過ごせない状態になってしまったんだと思う。
結果として、ニコニコ動画の投稿者や視聴者のモラル低下がこのような事態を引き起こしてしまったんじゃないかと僕は思うんだ。