Ubuntu12.04でニコ生アラート（本家）等を使用すると、Windowsでいう通知領域に相当するものが存在しないため、設定画面等を表示する手段がないように見られます。
出来る事ならアラート音を出したいのですが、設定するすべを用意して欲しいです。
（ex.起動時に特定のキー長押しで設定画面表示など）
設定画面等に入れない他は、きちんと動作しているだけに残念です。
>>1
システムトレイアイコンのホワイトボックスにアラートを登録してないから出てこないだけじゃないの？
$ gsettings get com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist
で確認して登録されてなかったら多分ソレが問題。
登録すべきアラートの名前が分からんとかならとりあえず
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist ['all']
とでもしておけば全部表示される。
もとに戻したくなったら
gsettings reset com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist
で戻るはず。