>>1
システムトレイアイコンのホワイトボックスにアラートを登録してないから出てこないだけじゃないの？
$ gsettings get com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist
で確認して登録されてなかったら多分ソレが問題。
登録すべきアラートの名前が分からんとかならとりあえず
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist ['all']
とでもしておけば全部表示される。
もとに戻したくなったら
gsettings reset com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist
で戻るはず。