ニコ生/ニコニコアラート+Ubuntu=設定不可

Ubuntu12.04でニコ生アラート（本家）等を使用すると、Windowsでいう通知領域に相当するものが存在しないため、設定画面等を表示する手段がないように見られます。
出来る事ならアラート音を出したいのですが、設定するすべを用意して欲しいです。
（ex.起動時に特定のキー長押しで設定画面表示など）
設定画面等に入れない他は、きちんと動作しているだけに残念です。