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>>666です。お久しぶり。
あれから色々と試行錯誤してみて、とりあえず２秒で止まる障害は出なくなったっぽい。
今まで長くても丸一日で再発してたものが一週間経っても出ないので、たぶん大丈夫ではないかと。
結論から言うと、サウンドカードを変更したら直りました。
今までマザーボード(P4P800-E Deluxe)のオンボードの「Realtek ALC850」使ってたんだけど、
BIOSで無効にして、別のPCのサウンドカード(SE-90PCI)に差し替えたら、全く止まらなくなったｗ
動画が止まる時に「先に音が止まる」ってのが気になって試してみたんだけど、どうやら正解だったようです。
（ちなみにドライバの更新だけ行っても回復しなかった）
根本的な原因までは判らなかったけど、FlashPlayer9が一部のオーディオデバイス（ドライバ？）と
相性が悪いのかも知れない。
詳しくないんであくまで想像ですが。
>>666みたいな症状で困ってる人は、一度オーディオ周りを疑ってみて下さい。
ちなみにこの異常、プラグイン版FlashPlayerをFireFoxで動かしても出ていました。
アドバイスとか色々ありがとうございました。
やっと昔の快適環境が戻ってきたよ。ﾔﾚﾔﾚ…
長文スミマセンでした。