エンコードについて

Premire proで編集したやつをニコニコにアップしたいんですが
上手くいかなくて参ってます

ＨＤＶからilinkでＰＣへ素材をキャプチャ→編集、完成→ＨＤＶへ書き出し
→完成品をＰＣへキャプチャ（avi）→エンコード（ここ）

ニコニコ推奨のフリーソフトも試してみましたが上手くいきませんでした。
無料、有料問わないのでオススメのエンコードソフトありましたら教えて下さい。

それとみなさんはどの様な手順でやっていますか？
ほぼ独学なんで自分のやり方がすごい遠巻きに感じるんですが。