いつもROMって参考にさせてもらっているばかりで申し訳ないので、一応貼っておきますね。（新海誠なのでアレルギーがある方は見ないほうがいいかも）
ttp://www.nicovideo.jp/watch/sm1269490
ちなみに、コメントにも書きましたけど
Final Cut Proからh264のmp4を吐き出して、ffmpegXで2passFLV化してます。
それと、FlashVideoEncoderでもFLV作ったんですけど何故かアップロードに失敗します。OS10.3に無理やり入れたからですかねぇ。。。