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IEのリンクの色なら、インターネットオプション→ユーザー補助→Webページで指定された色を使用しないにチェックこれで変えられる。ただしニコニコ以外にも適用されちゃうけど。サイト毎に設定できないのかな。自分もニコニコの設定だと色が見分けづらくて困ってる。