100％の工作回避は無理だと思います。
現在の「再生」「コメント」「マイリスト」のカウント基準は、純粋な再生・コメント投稿・マイリスト登録回数だとおもうので、
それぞれ、もしくは一部に対してアカウントに対する回数を表示することは可能でしょうか？
例）
再生回数 →総再生数の表示
再生回数(ｱｶｳﾝﾄ)→総再生者数の表示
コメント →総コメント数の表示
コメント(ｱｶｳﾝﾄ)→総投稿者数の表示
マイリスト →総マイリスト登録数の表示
マイリスト(ｱｶｳﾝﾄ)→総マイリスト登録者数の表示
これなら通称「弾幕」などの工作は多少防いだ上での数が見れると思うのですが、どうでしょうか？