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swfをaviに変換するソフトはいくつもあるし、aviをflvに変えるのは職人がみんなやってる行為。
swf→avi→flvという経路をたどればすべてフリーソフトでエンコード・編集できる。
事実、ニコニコ動画にはParaFlaで作っている人だっている。
あとswfはそもそも本来「動画ではない」ファイルなので、アップロードは仕組み上無理。
例えばswfを直接アップロードできるようになった場合、
ゲーム系Flashのswfはどう処理するのか、等を考えれば分かると思う。