ユーザ側の視点からのメリット
FLVファイルでは、劣化H.263と、VP6が使えます。H.263は、語るほどのことがありません。
VP6ですが、On2社が情報公開していないために、公式のエンコーダとデコーダしか存在していません。これらはVFWで提供されており、MS-Windows限定で、もはや古臭くなっています。しかも、この唯一のエンコーダの速度が、信じられないほど遅いのです。
確かに、ffmpegのプロジェクトによる、解析によるデコーダは存在しますが、どうも公式デコーダがかけていると思われるデブロッキングフィルタをかけていないため、ブロックノイズが見えます。
そのため、エンコードした動画を確認するにも、公式のデコーダを入れざるを得ません。
一方H.264は、規格が制定されて、多数のエンコーダ、デコーダが存在します。そのうちの、x264というエンコーダは、オープンソースで、UNIX（もちろんMACも）でもWindowsでも使えます。そして速度もOn2のエンコーダとは比べ物にならないほど早い。デコーダも、これもffmpegによるオープンソースなデコーダがあります。ffdshowにも採用されていることもあって、おそらくAdobeのFlash Playerを除けば、最も普及しているデコーダでしょう。