マイリスト、再生数、コメント数の順位を全て考慮した「総合ランキング」のようなものの導入が欲しいですね。
再生数、コメント数、マイリス数の各順位の数の合計をポイントとして求め、それを小さい順に並べてみるといったものはどうでしょうか。
例えば、ある３つの動画Ａ、Ｂ、Ｃについて、
Ａ：再生１位、コメント４位、マイリス３位 なら
１＋４＋３＝８point
Ｂ：再生２位、コメント２位、マイリス２位 なら
２＋２＋２＝６point
Ｃ：再生１０位、コメント５位、マイリス１位 なら
１０＋５＋１＝１６point
このpointを小さい順に並べるので、
総合では
１位＝Ｂ、２位＝Ａ、３位＝Ｃ
というような感じで。
各カテゴリＴＯＰのランキングは、今はマイリストの順位ですが、いわゆる工作の影響を多く受けていると思います。
かといって再生数だと「釣り」、コメント数だとコメントを異常に集める動画が上位になるなど、ひとつの数量のランキングだと、どれもアンバランスなものが集まってしまうと思います。