とりあえず、簡単に情報纏めました。
組曲『ニコニコ動画』
動画番号：500873
2008/2/8 13:45削除確認。（2530770番コメより）
最終再生数3,071,332
最終マイリスト登録数87,350
【初音ミク】みくみくにしてあげる♪【してやんよ】
動画番号：1097445
2008/2/8 13:48削除確認。（1061865番コメより）
最終再生数3,543,426
最終マイリスト登録数92,432
なお、みくみくに関してはその前の職人コメ削除問題の絡みもあり
若干見極めが難しいですが、再生時間等で判断しています。
また、コメント数は動画削除如何に関わらず増やせるので最終記録としては取っていません。
あと、組曲はあまりにも多すぎるので割愛しますが、
みくみくの権利者はika氏と株式会社ドワンゴ・ミュージックパブリッシングです。
まぁ、年末に散々名前が出た会社なので記憶に新しいかと思います。