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ffmpegXでのエンコ方法にて、一つ見落としがありました。オーディオのサンプリングレートを44100Hzにしてなかったという、初歩的なミスでした。おかげさまで、なんとかflv出力は出来ましたが、問題はSMILE VIDEOがちゃんと受け取ってくれるかどうか……。ともあれ、アドバイス有難うございました。それにしても、本家エンコーダ＋iMovieではじかれる理由はいまだ謎だ……。