とりあえず私の考えを提起しておきます。
基本的には現状のニコ動は、法律に照らし合わせれば違法の動画も多く
権利者からの申請による削除も日々行われております。
（運営から月別でもこういった削除件数などが分かればいいのですが）
しかしながらユーザーは無視してUpはしますし
権利者との関係は平行線を辿ってると思います。
私も利用者の一人として客観的に考えると
ユーザーは自分個人の欲求を第一に考えており
あまりにも権利者の利益というものを無視してると思いますし
そういった利用状況では、権利者はとてもニコニコできるとは思えません。
じゃあどうするのか。そんな事を言ったらUPできるものなんてない。
なんて思ってしまうわけですが、私はそういう事を言いたい訳ではないです。
例えばTV番組などのUPなど止められるものではないと思いますし
私も普通に見ています。
私が思うのは、例え違法動画をUPするのであっても
最低限、権利者の利益も考え配慮してUPしていったらと思います。
例えばTV番組ですが、仮に権利者が全く削除申請をしないで
なんでもニコ動で見れてしまう場合、視聴率に若干かもしれませんが
影響が現れると思います。
TV番組はスポンサーが制作費を出し制作されるわけであり
スポンサーは宣伝料としてそれを投資しています。
ニコ動でしかTV番組を見ない視聴者には、CMを見てもらう事はできず
スポンサーの利益は皆無となります。
ですのでまず一つ目の提案としては
TV番組のアップロードは、CMを入れる様に心掛けてはどうかと思います。
放送後に別メディアで販売がある番組などはまた少し変わりますが（アニメなど）
そういった事の無い通常番組であれば
CMさえ入れていれば、単純に言えばスポンサーの利益は守られますし
むしろ何度もCMを見てもらえる機会が増え、実際の視聴率以上の宣伝効果が生まれます。
勿論入れてあっても、シークして飛ばす人がほとんどでしょうが
それは実際にTVを見ていても、CM中大人しく見てる人の割合を思えば
似たようなものだと思いますし、逆に面白いCMなどはコメントもつくでしょうし
こういったマイナス要素は大して気にならないと思います。