大丈夫だとは思いますが、どこかで不具合が起きるかもしれないので
試す場合は自己責任ということで。
chromeが起動していない状態でpepflashplayerの格納フォルダを開き、
pepflashplayer.dllを削除かリネーム（manifest.jsonは触らない）
メモ帳を起動して名前をつけて保存 pepflashplayer.dll
出来たファイルをフォルダにコピーしてchromeを起動
自分の場合はこれで>>2の起動オプション付きで立ち上げた時のように、
プラグインにpepflashplayerの表示が無く、アドビの方を使うようになってくれました。