俺も3.0でスクロールできなくなった
フラッシュプレーヤーにフォーカスされてる時にスクロールできないっていう仕様があって、
それに起因した原因として
FireFox3.0では現状ではフラッシュプレーヤのサイズが正しく認識されてないみたいだ。
フラッシュプレーヤーの左か上をクリックすればちゃんとフォーカスが外れてスクロールするんだが、
右や下のブランクスペースをクリックしてもフォーカスが外れない。
右クリックするとフラッシュのコンテキストメニューが開くから間違いない。
IEでは問題ないからおそらくFireFox3.0の不具合かと
しばらくはダウングレード推奨だな