ボクは>>529とほぼ同じ症状でした。osは10.6.4、flashplayerは最新、ブラウザはsafari5.0でもchrome5.0でもMacNicoTunesでも流れるコメントはまったく表示されず、右側でコメントが表示されたりされなかったり点滅したり。
ゲストアカウントなら問題なかったし、flashplayerがまだ10.0であるfirefoxでも問題なかった。FontBookで重複フォントを削除しても直らなかったが、変な方法で直すことができた。こういう流れです：
ログアウト
ログイン
ユーザー>ライブラリ>フォントの中身をまるごと別フォルダーに移動
ブラウザを起動、ニコニコの動画を見る。フォントは全体的にちょっとおかしいが、正しく表示されているコメントを確認
フォントを元のフォルダーに戻す
ブラウザを再起動（これでおかしくなったフォントが元に戻る）
以上
この後何をしても症状が再び現れることは無し。理屈は分かりませんが、まあ、めでたしめでたしということで。